王芳

陈实研究团队co-PI

PI介绍

深圳市转化医学研究院(深圳市第二人民医院)陈实研究团队PI。2021年博士毕业于澳门大学,生物医药专业。主要从事病原微生物的相关研究,研究方向为致病微生物(细菌、真菌)在感染和致病过程中的致病机制和微生物生理性能探究。主要研究成果以第一或共同通讯作者发表于Nature microbiology(封面),Clinical Microbiology Reviews(封面), PLOS Genetics和Virulence等期刊。主持1项国家自然科学基金项目,科技部重点专项子课题项目1项、深圳市人才项目1项。

教育背景

2008年09月-2012年07月内蒙古农业大学生命科学学院制药工程本科;

2012年09月-2015年06月南开大学泰达生物技术研究院微生物学硕士;

2016年01月-2021年03月澳门大学健康科学学院生物医药博士。

工作经历

2021年09月至今,深圳市第二人民医院转化医学研究院,陈实研究团队PI

研究方向和兴趣

1.      应用多组学方法探究病原真菌与细菌的致病机制

  应用基因组学、比较基因组学和转录组学,结合生物信息学分析和分子生物学实验手段,开展关于烟曲霉(Aspergillus)、白色念珠菌(Candida)、马尔尼菲青霉菌(Talaromyces)等常见临床致病真菌的致病机制和调控机理研究。同时,致病细菌和真菌的共感染事件在临床病人中层出不穷,应用多组学方法,体内、体外了解致病细菌和真菌间的相互影响、以及两类病原微生物与所侵染宿主的相互作用,可以为临床诊断和治疗提供理论基础和潜在给药靶点。

2.      微生物体内的转录调控研究

  转录,作为遗传中心法则的重要一步,是将体内遗传信息展现为各种生物学特征的第一步。无论是原核还是真核生物,细胞内的基因转录过程都受着精细调控,以确保生物体精准地应对各种生存环境。转录调控因子作为可识别结合特定靶标DNA序列的蛋白,在转录调控作用中尤为重要。利用现有的研究手段,包括ChIP-Seq, RNA-seq以及DNA-pull down等,结合多种突变库应对环境刺激的大规模筛选和转录应答比较,对包括细菌和真菌在内的各种微生物生理过程进行研究。同时,开展对新的环境、临床分离菌株的组学比较,并探究其生理性能及动态、实时监测病原菌侵染过程中的应答反应,从而从基因组学和表观遗传学等多方面寻找临床菌株在进化过程的变化。

科研项目

[1]. 国家自然科学基金项目“构巢曲霉孢子打破休眠前后的基因转录调控机制研究”(项目批准号:32200024)30万,主持2023.01-2025.12)

[2]. 国家重点研发项目“水环境污染修复的合成微生物体系设计与构建”(项目批准号:2022YFA 0912500,总经费1973万),子课题负责人,34.1万(2022.11-2027.10)

[3].深圳市优秀科技创新人才(博士启动项目)“病原真菌烟曲霉染色体大片段丢失影响致病能力的分子机制研究”(项目批准号:RCBS20221008093108030), 30万,主持,(2023.04-2025.04)


代表性成果

1.      Fang Wang, Pooja Sethiya, Xiaohui Hu, Shuhui Guo, Yingying Chen, Ang Li, Kaeling Tan, Koon Ho Wong*. Transcription in fungal conidia before dormancy produces phenotypically variable conidia that maximize survival in different environments. Nature Microbiology. 2021 Aug;6(8):1066-1081IF=28.3(独立第一作者,封面文章,F1000推荐,Nature Microbiology杂志亮点评论)

2.      Fang Wang, Runhua Han, Shi Chen*. An Overlooked and Underrated Endemic Mycosis—Talaromycosis and the Pathogenic Fungus Talaromyces marneffei. Clinical Microbiology Reviews. 2023 Mar 23;36(1):e0005122.IF=36.8)(独立第一作者,封面文章,2023年度高被引)

3.      Ana Cristina Colabardini#, Fang Wang#*, Zhengqiang Miao#, Lakhansing Pardeshi, Clara Valero, Patrícia Alves de Castro, Daniel Yuri Akiyama, Kaeling Tan, Luisa Czamanski Nora, Rafael Silva-Rocha, Marina Marcet-Houben, Toni Gabaldón, Taicia Fill, Koon Ho Wong*, and Gustavo H. Goldman*. Chromatin profiling reveals heterogeneity in clinical isolates of the human pathogen Aspergillus fumigatus. PLoS Genetics. 18(1):e1010001. 2022.IF=4.5(共同第一作者(第2),共同通讯作者

4.      Fang Wang#, Ting Yao#, Wen Yang#, Pan Wu, Yutao Liu, Bin Yang*. Protocol to detect nucleotide-protein interaction in vitro using a non-radioactive competitive electrophoretic mobility shift assay. STAR Protocols. 3(4):101730. 2022.(共同第一作者(第1))

5.      Fang Wang#, Hongmin Sun#, Chenbo Kang, Jun Yan, Jingnan Chen, Xuequan Feng*, and Bin Yang*. Genomic island-encoded regulatory proteins in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7. Virulence. 2024 (Accepted).IF=5.2(共同第一作者(第1))

6.      Yuan Nong#, Fang Wang#*, Shi Chen*. Morphology, development, and pigment production of Talaromyces marneffei are diversely modulated under physiologically relevant growth conditions. Current Microbiology. 2024 (Accepted).IF=2.6)(共同第一作者(第2),共同通讯作者